Poster 2 - Op zoek naar een alternatief voor Ethidiumbromide
Over het project
Studententeam: Mathijs Fontaine, Arnaud Schoofs, Lucas Stroobandt, Simon Van Huychem, Tuur Verheyen, Kasper Vroman
Afstudeerrichting: biochemie
Projectbegeleider: Natalie Chiaverini
Inhoud project:
Het zichtbaar maken van DNA in agarose- of polyacrylamidegels is een cruciaal onderdeel van vele moleculaire en biologische experimenten. Of het nu gaat om het controleren van een restrictiedigestie, het beoordelen van de kwaliteit van RNA of het analyseren van plasmidecontructen. De mogelijkheid om nucleïnezuren zichtbaar te maken in agarose of polyacrylamidegels is onmisbaar.
Hiervoor wordt vaak ethidiumbromide gebruikt, dit is een kleurstof die zich tussen de basenparen van DNA nestelt en onder UV-licht fluorescentie vertoont. Ondanks de betrouwbaarheid, sterke fluorescentie en lage kostprijs van ethidiumbromide, brengt het gebruik ervan aanzienlijke gezondheidsrisico’s met zich mee. De stof is namelijk toxisch en mutageen, en kan door inslikken, huidcontact of inademing in het lichaam terechtkomen.
In dit onderzoeksproject wordt er gezocht naar een alternatief voor ethidiumbromide. Om dit te bepalen worden vier DNA kleuring stoffen vergeleken met elkaar: ethidiumbromide, SYBR Safe, GelRedTM en GelGreenTM. De focus van de vergelijking wordt hier gelegd op gevoeligheid, kleuringstijd, bandintensiteit, kostprijs en gebruiksgemak. Om deze aspecten te vergelijken, zijn verschillende protocollen toegepast.
Een DNA-concentratiegradient om de gevoeligheid te meten.
Vergelijking op basis van het vermogen om pAMP- en pUC19-plasmiden te visualiseren na een restrictie-analyse.
Analyseren van de structuur van pAMP- en pUC19-plasmiden na uitvoeren van een miniprep methode gevolgd door een restricitedigestie
Het vermogen om een restricitiedigestie van de BKP764-vector uit te voeren in een SB-buffer.
De detectie van een Alu-sequentie in genomisch DNA na PCR via zowel een agarose- als polyacrylamide-gelelektroforese is uitgevoerd.
Analyse van de kwaliteit van RNA dat uit plantenweefsel geïsoleerd werd.
Titel poster: “Looking for an alternative to Ethidium Bromide”